Malaysian Airlines System (MAS), la principal aerolínea nacional, ofrece vuelos en la península con destino a Sabah y Sarawak. El precio de los billetes es razonable, pero, a no ser que se tenga mucha prisa, no es necesario volar dentro de Malasia peninsular. Para viajar a Malasia Oriental, resulta más económico partir de Johor Bahru que de Kuala Lumpur. En Malasia Oriental el avión suele aparecer como el único medio rápido de transporte. Debe tenerse en cuenta que los vuelos en Malasia Oriental, en general, están abarrotados durante las vacaciones escolares, y tienden a sufrir retrasos como consecuencia de la inestabilidad meteorológica.
Malasia peninsular cuenta con un sistema de autobuses rápido, económico y muy extendido y resulta, generalmente, la mejor manera de desplazarse. En Sabah, las carreteras son excelentes, y microbuses recorren las vías más importantes. En Sarawak, los autobuses cubren el trayecto de la carretera principal y poco más. Malasia peninsular posee un sistema de ferrocarriles cómodo y barato, pero se compone, básicamente, de dos líneas: una que enlaza Singapur y Tailandia vía Kuala Lumpur y Butterworth, y la otra que parte de la primera en Gemas con dirección noreste, hacia Kota Bharu. En Sabah, se recomienda tomar el tren de vía estrecha que atraviesa la garganta del río Pegas desde Tenom hasta Kota Kinabalu.
En Malasia peninsular, los taxis de largo recorrido cuestan el doble que los autobuses pero, en comparación, resultan un lujo y son una manera práctica de viajar. Para quienes quieran viajar en coche, las principales agencias de alquiler de automóviles disponen de oficinas en Kuala Lumpur. No hay un servicio de barcos entre la península y Malasia Oriental, pero lanchas rápidas recorren los ríos de Sabah y Sarawak.
En Malasia, los taxis locales cuentan con taxímetro. Los rickshaws han desaparecido en la capital, pero siguen siendo una forma viable de efectuar desplazamientos cortos en las provincias. Kuala Lumpur posee un sistema de transporte público poco efectivo; los desplazamientos en la ciudad durante la hora punta deben evitarse a toda costa.
El nuevo aeropuerto internacional de Malasia -emplazado en Sepang, a 50 km al sur de Kuala Lumpur- inició su funcionamiento en junio de 1998. La mayoría de los turistas vuelan a Sepang o llegan por tierra desde Tailandia o Singapur. Sin embargo, Penang también cuenta con vuelos internacionales, y Kuching (Sarawak) y Tawau (Sabah) disponen de vuelos a Kalimantan. Para los viajes internacionales debe abonarse un impuesto de salida de 40 dólares, incluido en el precio del billete si se compra en Malasia. El impuesto de salida para vuelos con destino a Singapur y Bruneo se reduce a 5 dólares.
Existen cinco pasos fronterizos terrestres entre Malasia y Tailandia (dos en la costa occidental, uno en el centro y dos en la costa oriental). También cuenta con un enlace ferroviario en la costa occidental. Desde Singapur es factible atravesar hacia Johor Bahru por la carretera elevada, o tomar el ferry o el tren. Se han habilitado tres servicios de ferry entre Malasia e Indonesia: Penang-Medan, Malacca-Dumai y, en Malasia Oriental, Tawau-Tarakan. También existe un complicado paso por carretera entre Sarawak y Kalimantan.
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