Parece ser que se corresponde con Aurinx Auringia, que fue conquistada en las Segundas Guerras púnicas por Escipión.
A partir de entonces sufrió una serie de cambios en su gobierno, siendo sucesivamente conquistada por la taifa de Sevilla (1031) y los almorávides (1148). Fernando III la perdió a manos del nazarí Yusur al-Ahmar, para recuperarla de nuevo en 1246 por un pacto de vasallaje. Durante la guerra contra el Reino de Granada se convirtió en un importante y estratégico centro de operaciones.
Fue un importante centro productor de tejidos de seda, pero esta floreciente industria no pudo evitar que, durante el reinado de los Austrias, la ciudad cayera en una profunda depresión económica que obligó a abandonar la ciudad a muchos de sus habitantes.
A pesar del impulso que alcanzó, durante la primera mitad del siglo XIX, el cultivo de las olivareras, las sucesivas incursiones francesas sumieron a Jaén en una profunda crisis económica. En 1873 se proclamó cantón independiente.
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